1981年興源公司在香港成立,隸屬於當時的內蒙古外貿局。

1983年經國務院批准,同時成為自治區駐港窗口機構。

1996年經自治區人民政府批准,興源公司機構規格升格為副廳級,歸口於自治區外經貿集團公司管理。

2010年經自治區編委批准,在原瀋陽辦事處、原深圳辦事處、原海南辦事處及香港辦事處(興源公司)的基礎上整合組建了自治區政府駐深圳辦事處,為政府辦公廳所屬的正處級全額撥款事業單位,興源公司仍然保留作為自治區政府的駐港聯系公司。

2005年外經貿等三大集團轉制後,鑑於其駐港聯系公司的特殊地位,興源公司予以保留。